县境内河流属长江流域嘉陵江水系。直接注入嘉陵江的有西河，大回溪，小回溪，长滩河，罗面河，曲水，清水河，状元溪，泸溪，石洞溪，许家桥河等，注入西河的有莱子河，观音河，兴隆河，宝马河，西紫河，紫岩河，来龙井河等，此外还有源于光中乡白果树，流径盐亭花林寺，涪山寺，至盐亭县大兴乡龙宝与元山水合流的灵溪（花溪，竹溪）溪以及源于大力山西面，流径盐亭县三岔，永泰，杨家庙，黄甸，定光，麻秧，至谷坝咀入梓江的湍水。

嘉陵江

嘉陵江，经苍溪，阆中，流入南部县的老鸦镇右纳曲水，经火峰，南隆右纳清水河，状元溪，经安坝左纳安溪安，经谢河左纳石洞溪，罗面河，经泸溪场左纳泸溪，经柴井左纳大回溪，小回溪后折而南流，过报本寺入仪陇度门，右纳鱼箭滩河，至环山复入南部县境南流，经王家场右纳西河后入蓬安县，而后流往南充，武胜，合川纳涪江，渠江后，至重庆注入长江。

嘉陵江一级支流

西河.古称西水，一源出自剑阁县五指山，一源出自江油市云集乡堂垭。二源在江油市邓家坝合流后，由北向南，流经剑阁县武连，开封，柘坝入南部境低山区，经西河，太霞向东南迳流，至铁鞭乡罗家村折向北蜿蜒向北，经保城，过双峰，龙马，复向东南碑垭庙直流，今碑垭庙己建成拦河大坝，是为西南最大水库～升钟水库。在大坝以下，仍向东南迳流，经升钟寺莱子河，经永红玉眉山纳观音河入万年，继径阆中将军乡，入南部县兴盛兰登山西有兴隆河来会，至定水有宝马河来会，其后又经凤台，寒坡，肖家，栆儿，群龙，盘龙至高云太平寺南紫岩河后，复广法，碧龙，富利至大富乡黄角店村纳西紫河，而后入王家镇纳东溪。在此一公里西河口注入嘉陵江。

安溪，一名长滩河，有三源：一源阆中元山，二源阆中水观，一源南部碑院禹迹山南，三源在永定三合场会合，流径安坝，在白云村入嘉陵江。全长12.3公里。

大回溪，一名柴井河，有二源，左支龙滩河（又名观音河）河，源于三清大锣村，经大坪至柴井，右支牌坊河，源出阆中宝台乡，流经盘马河入南部境，复经中心，楠木，在柴井赵家坝村与左支合流称大回溪，而后流经尖山坝村南端注入嘉陵江。全长23.5公里。

小回溪，源于三清庞家村，经五灵，柴井纳入五条小河后，在蔡家坝村南注入嘉陵江。全长19公里。

状元溪，源出枣儿老君山，流经南隆一环路纳源出长沟村的金鱼溪后，复穿振兴桥，西门桥，南门桥，东门桥，公园桥，柳林桥注入嘉陵江。

清水河，发源金星红庙村，流经南隆幸福村，壕口村，在蔬菜村注入嘉陵江。全长6公里。

罗面河，一名碾盘河，源于碑院罗面村，流经碾盘至谢河店儿村再注入嘉陵江。

曲水，源于老鸦柏林村，流经阆中高观，复入南部县，在老鸦梓潼村注入嘉陵江。

泸溪，源于楠木四马村，南流至泸溪场注入嘉陵江。

石洞溪，源于安坝，谢河边境四面山，流经谢河射洪庙至城东村注入嘉陵江。

鱼箭滩河，一名许家桥河，源于碧龙张家山村，流经光华鱼箭滩，任家坝村折东北入度门，经立石子村而后注入嘉陵江。

嘉陵江二级支流

莱子河，有两支，左支源于双佛七宝庙，向西北流经盐亭金安，名石科河，继向东北流经花罐，称凡河，入柳树至凤真村折向东流至蚕丝宫。右支源于柳驿洞空湾，向北流经柳树称柳树河（响沙河）河。两支在蚕丝宫汇合称莱子河，再北流经升钟注入西河，此河全长30公里。

宝马河，源于伏虎镇刘家沟村，向南经西充县罐垭乡，至鸣龙西2公里处折向东北流经义和，中海等乡镇，入南部县龙凤，继向东北至建兴场，纳源自西充义兴的巡按河后，在东北经三官，大王等，至定水场南0.5公里注入西河。全长63公里。

兴隆河，一名溲水河，白燕儿河，秀水河，兰登河，有二源，左支盘河，源于石泉书房村，经大桥称金鱼河，经雄狮称狮子河，再东纳源自永红的一溪后，向东南流至宏观金猴村，右支称老观河，源于大河白土村，经石泉入宏观金猴村入兴隆，于兰登山西注入西河。全长24公里。

紫岩河，一名太平河，源于西充兴隆，于窑场金陵坝村入境，经平桥至高云，在王家沟村北注入西河。全长53公里。

西紫河，又名溲水，东坝河，梅家河，源于西充县古楼镇，从大堰纯阳山村入境，流经东坝，梅家，广法，至大富黄角店村注入西河。全长25.8公里。

东溪，又各来龙井河，源于河坝镇，流经大富，于沙包井村注入西河。全长15公里。

观音河，一名永红河，源于大桥镇翰林村，北流经永红，至升钟玉眉山村东注入西河。